Về nguyên tắc phối hợp, cơ quan chủ trì, cơ quan đại diện pháp lý cho Chính phủ và cơ quan, tổ chức, cá nhân liên quan có trách nhiệm phối hợp đầy đủ, hiệu quả, kịp thời trong giải quyết tranh chấp đầu tư quốc tế theo quy định tại Quy chế này và quy định của pháp luật Việt Nam để bảo vệ tối đa quyền và lợi ích hợp pháp của Chính phủ Việt Nam, cơ quan nhà nước Việt Nam; có trách nhiệm giữ bí mật Nhà nước, bí mật thông tin, tài liệu có được trong quá trình giải quyết tranh chấp đầu tư quốc tế theo đúng quy định trong tố tụng trọng tài quốc tế và quy định của pháp luật Việt Nam; chịu trách nhiệm trước pháp luật về hậu quả phát sinh do không phối hợp hoặc phối hợp không đúng các nguyên tắc nêu trên.

Quy chế quy định cụ thể nội dung phối hợp gồm: Trao đổi thông tin, tài liệu giữa các cơ quan liên quan trong quá trình giải quyết khiếu nại, tố cáo, vướng mắc của nhà đầu tư nước ngoài nhằm phòng ngừa tranh chấp đầu tư quốc tế. Bên cạnh đó, phối hợp trong giải quyết tranh chấp đầu tư quốc tế: cử người có đủ năng lực của cơ quan, tổ chức mình tham gia Tổ công tác liên ngành giải quyết tranh chấp đầu tư quốc tế khi được cơ quan chủ trì yêu cầu; tham gia thương lượng, hòa giải các tranh chấp đầu tư quốc tế; xây dựng và thực hiện chiến lược, lộ trình, các bước giải quyết việc tranh chấp đầu tư quốc tế; thu thập và cung cấp thông tin, hồ sơ, chứng cứ và tài liệu phục vụ giải quyết tranh chấp đầu tư quốc tế; xử lý các nội dung liên quan đến phán quyết, quyết định của trọng tài quốc tế; thực hiện các công việc khác trong giải quyết tranh chấp đầu tư quốc tế.